Государство расположено в Восточной Азии и является крупным островным государством в регионе, находящееся на большом стратовулканическом архипелаге протяжённостью как с севера на юг, так и с запада на восток без малого на 3000 км.
По расчёту властей, проведённому в 1987 году, Япония состояла из 6852 островов, из которых 4 больших, составляющих основу государства, и 430 обитаемы, а остальные — не имеют постоянного населения.
Понятие "остров" означает участок земли над поверхностью моря более 100 метров в окружности, а если учитывать острова меньшего размера, то их может быть многие тысячи.
Новый подсчёт, проведённый в 2023 году, число известных островов Японии увеличил до 14155.
Крупнейшими и самыми населёнными островами архипелага являются (с севера на юг) — Хоккайдо, Хонсю, Сикоку, Кюсю и Окинава. По некоторым северным и южным островам страна имеет территориальные споры с другими государствами.
Япония располагается к северо-востоку от Китая и Тайваня (отделена от них Восточно-Китайским морем) и строго на востоке от Кореи (отделена Японским морем). К северу от Японии лежит дальневосточный регион России.
Площадь Японии составляет 378 тысяч квадратных километров, из которых 365 тысяч приходится на сушу, а 13 тысяч на водную поверхность. Без спорных территорий площадь страны оценивается в 373 тысячи квадратных километров.
Япония — 4-е по площади островное государство в мире и самое большое по площади островное государство в Восточной Азии, а также 2-е по населению островное государство в мире (после Индонезии).
Япония занимает 6-е место в мире по протяженности береговой линии — почти 30
тысяч километров и 8-е место по величине исключительной экономической зоны площадью 4470 тысячи квадратных километров.
Рельеф страны пересечённый, около 73% территории занимают горы. Леса составляют 68,55 % территории (из другие развитых стран с таким высоким процентом лесного покрова — Финляндия (73,1 %), Швеция (68,4 %) и Южная Корея (63,7).
Здесь насчитывается 108 действующих вулканов (10 % действующих вулканов мира), что обусловлено активной деятельностью тектонических плит в тихоокеанском вулканическом огненном кольце.
Так как Япония находится в тихоокеанском вулканическом огненном кольце, то часто ощущаются небольшие подземные толчки низкой интенсивности и лёгкая вулканическая активность.
Разрушительные землетрясения случаются несколько раз в столетие. Из-за повышенной вулканической активности, в Японии находится большое количество горячих источников, называемых онсэнами, использующихся в туристических и рекреационных целях.
Длинная цепь гор проходит по середине архипелага, разделяя его на две условные половины — "лицо", обращенное к Тихому океану, и "спину", обращенную к Японскому морю.
Наивысшей точкой в Японии считают гору Фудзияма, по совместительству являющуюся вулканом. Высота пика составляет 3776 метров.
По официальным данным 2019 года в Японии насчитывается 21 147 рек, около 3,5% территории страны занимает акватория.
Японские реки короткие и крутые (средний уклон — 0,44%); самая короткая река Японии — Буцубуцугава (Вакаяма) — имеет длину лишь 13,5 метра, самая длинная — Синано, протекающая на острове Хонсю — 367 км. Также для рек Японии характерна небольшая площадь водосборного бассейна.
Реки имеют дождевое и снеговое питание. Большая часть осадков выпадает в сезон дождей (июнь-июль), сезон тайфунов (сентябрь-октябрь) и зимой в виде снега (на севере Японии).
Обильные осадки, небольшая длина и большой уклон рек приводят к многочисленным наводнениям. Во время наводнений вода прибывает и убывает очень быстро; соотношение максимального расхода воды к площади бассейна очень высокое (в 10-100 раз больше подобного значения крупных рек в других странах). Типичное соотношение максимального расхода воды к минимальному составляет 200-400. Для рек Японии характерны большие объёмы переносимого осадка, для большинства они превышают 1000 м³/км² в год.
Население концентрировалось на плодородных аллювиальных равнинах вдоль рек, подходящих для рисоводства. На подверженных наводнениям равнинах, занимающих около 10% японской территории, сосредоточено около половины населения страны и около 3/4 имущества.
Польза и опасность, исходящие от рек, сформировали двойственное отношение к ним в японском обществе.
В результате противопаводковых работ русла многих рек из-за накопления осадка в русле представляли собой угрозу наводнений, что заставляло людей возводить всё более высокие дамбы вдоль её берегов и от этого река начинала протекать на несколько метров выше окружающих земель — подобные реки японцы называют тэндзёгава, "река на уровне крыши".
Принятый в 1896 году "Закон о реках" заложил основы современного государственного контроля за реками. В 1964 году старый закон о реках сменил новый (вступил в силу 1 апреля 1965), который позже был расширен и дополнен; в том числе, сохранение окружающей среды стало одной из основных целей речных работ. Несмотря на предпринимаемые меры, наводнения всё ещё представляют собой серьёзную проблему. За 10 лет с 1986 по 1995 около 90% муниципалитетов Японии пострадали от наводнений или оползней.
Другой проблемой являются участившиеся засухи, вызывающие перебои водоснабжения. C 1980-х годов в реки возвращают очищенные сточные воды.
В начале XXI века в реках Японии, за исключением Хоккайдо, наблюдается улучшение качества воды.
Население Японии в основном проживает в межгорных долинах (в меньшей степени) и на прибрежных равнинах (в большей степени), вместе составляющих лишь около 27% всей территории.
В 2019 году население Японии составляло 126 миллионов человек. Это 11-я по численности населения страна в мире и вторая по численности островная страна (после Индонезии).
Население размещается по территории неравномерно:
Хонсю — 231 тысяча квадратных километров и 81% населения.
Хоккайдо — 83 тысячи и 4,2% населения.
Кюсю — 42 тысячи и 10% населения.
Сикоку — 19 тысячаи и 3% населения.
Окинава — 2,3 тысячи и 1,1% населения.
Другие острова — 0,7% населения.
В 2021 году 91,9 % населения Японии проживало в городах.
Большая часть населения Японии, около 80 миллионов человек, проживает в мегалополисе на тихоокеанском побережье Тайхэйё (мегалополис — переходящие одна в другую городские агломерации).
Большой Токио является городской территорией, городской агломерацией и региональной агломерацией с самым большим населением в мире, где по состоянию на 2016 год проживало более 38 миллионов человек.
Половина населения Японии сосредоточена в районах трех крупнейших равнин страны (Канто, Осака и Ноби) расположенных на тихоокеанском побережье острова Хонсю с центрами в Токио, Осаке и Нагое, из-за чего возникают проблемы диспропорций в населённости страны, такие как чрезмерная перенаселённость и плотность населения крупных городов, и городских агломераций, и в свою очередь депопуляция в сельской, и малонаселённой местности.
В стране мало пригодной земли для сельского хозяйства, по состоянию на 2012 год такая земля составляла лишь 12% общей территории Японии, поэтому часто возделываются холмы и склоны вокруг городов.
Почти вся обрабатывающая промышленность Японии находится в пределах мегалополиса Тайхэйё, на который в 2007 году приходился 81% объема производства страны (около 4-5 триллионов долларов США).