Всем привет. Меня зовут Сергей и сегодня расскажу вам как в лабораторных условиях можно выделить ДНК из привычного всем нам репчатого лука.
*
Для получения необходимого результата нам подойдет любой репчатый лук, но какого бы цвета он не был. Cначала нам нужно нарезать лук. Нас устроит любая форма нарезанного лука: кубики это будут или колечки значения для нас не имеет. Далее взвешиваем необходимую навеску лука на весах - 5 г.
Затем лук смешиваем с буферным раствором, объем которого равeн 10 мл. Рецепт буферного раствора таков:
- Додецилсульфат натрия (С12Н25SO4Na)- 0.5 г;
- Хлорид натрия (NaCl) - 0.8 г;
- Цитрат натрия (Na3C6H5O7) - 0.5 г;
- Этилендиаминтетрауксусная кислота ((HOOCCH2)2N(CH2)2N(CH2COOH)2) - 0.029 г.
Смешивание необходимо производить в стакане. Затем ставим полученную смесь на водяную баню на 15 минут при t=30°С.
После охлаждаем смесь в ёмкости со льдом до 15-20°С. Засекаем 6 минут. Ждём. Далее полученное необходимо гомогенизировать в гомогенизаторе (я когда-нибудь покажу вам как он выглядит) сначала на низкой скорости (500 оборотов), потом на высокой (1500 оборотов) в течение 45 секунд. Для лучшей гомогенизации в смесь лука и буферного раствора необходимо положить несколько металлических шариков.
Гомогенат (измельченная смесь лука и буферного раствора) вновь ставим на лёд, но теперь уже 15 минут и затем фильтруем его через 4 слоя марли. Получается луковая пенка.
Полученный фильтрат необходимо в третий раз "остудить" с помощью льда в течение 10 минут, а затем осадить 95% этанолом. Достаточно будет 8 мл. Получается вот такая красивая луковая ленточка, на которую можно любоваться сверху.
Её можно либо намотать на стеклянную палочку и рассмотреть поближе либо (если ДНК ещё понадобится) перенести её в лабораторную посуду и поставить в холодильник. Для хранения ДНК я использовал пенициллиновую баночку. В ней ДНК выглядит менее впечатляющей.
На этом всё. До встречи.
Материал подготовлен командой @sci-populi, автор @sergesfnv.
Этот текст публикуется от лица нового естественно-научного сообщества в рамках Vox Populi — @vp-science, которое будет запущено в ближайшее время. В новое сообщество приглашаются авторы, интересы которых лежат в области естественных наук, таких как — физика, химия, биология, геология и так далее. Так как создание нового сообщества в рамках @vox-populi на данный момент длится достаточно долго, то на начальном этапе тексты естественно-научной направленности будут публиковаться с аккаунта @vp-cosmos — мы уверены, что это как минимум не причинит неудобств, а, вполне возможно, будет даже интересно для нашей аудитории.
"Луковое ДНК в пенициллиновой баночке"
ЛуковАя ДНК (Кислота, она-моя)
Неплохо.
Перепост)
Ваш пост поддержали следующие Инвесторы Сообщества "Добрый кит":
max-max, dikaniovs, maksina, zlata777, kotik, oceanotechnic, olga-olga, sharps, rubin, exan, yudina-cat, boltyn, polyakov, acidgarry, vika-teplo, virt, vadimph, felicita, mryabinin, kertar, dim447, oksi-m, zhenek, ksantoprotein, amidabudda, irimeiff, chirakovalsky, benken, cryptostock, doublingseason, necrogenesis, madden
Поэтому я тоже проголосовал за него!
Узнать подробности о сообществе можно тут:
Разрешите представиться - Кит Добрый
Правила
Инструкция по внесению Инвестиционного взноса
Вы тоже можете стать Инвестором и поддержать проект!!!
Если Вы хотите отказаться от поддержки Доброго Кита, то ответьте на этот комментарий командой "!нехочу"
dobryj.kit теперь стал Делегатом! Ваш голос важен для всего сообщества!!!
Поддержите нас:
Здорово, а куда это можно использовать?
Это использовалось для спектрофотометрического анализа ДНК
Интересно, А=280? или?
Спектрофотометр такую цифру показывал.
Тобишь в гражданском быту не приспособить?
Мне подобное применение неизвестно.
Эххх жаль.
давайте для этого позовём @sergesfnv :)
Я вас услышал, спасибо за то, что теперь не придётся долго искать тему для новых постов. Расскажу об этом позже.
спирт осаждает и белки, так что ДНК у вас точно не чистая
Да, но ДНК при прочих равных - лучше!
У меня в тексте нет упоминания о том, что ДНК является чистой.
У вас написано, что получилась ленточка ДНК, хотя там белков должно быть значительно больше половине, как по массе, так и по объему.
Я могу и ошибаться в составе, но у вас ничего не сказано про белки, а они тоже отлично высаждаются спиртом.
Нет, белков будет намного, намного меньше
Так показывает практика.
Иногда невозможно ответить на вопрос "Почему?"
Про хроматин речи не шло - говорили про осаждение именно ДНК)
Кость ака @benken - ну Вы же логик. Не подменяйте понятия.
Понятно, что при осаждении спиртом ДНК "выворачивается" из гистоновых шайб
Я долго выделял ДНК из крови по сходной методике.
До той степени чистоты, что идёт ПЦР.
ХЗ его знает, почему ДНК осаждается лучше, чем гистоны или ЦП-белки.
Но практика показывает, что лучше.
А вот инфузорий сложно гомогенизировать. Скорее всего, перед этим было центрифугирование и обработка детергентом/пептидазой/протеиназой К, не?
Ну а если чисто теоретически (я ни разу не выделял ДНК из инфузорий), наличие двух ядер - макро и микро - нуклеосов должно способстовать, наверное
но спиртом высаживаются и белки, в том числе белки хроматина. Не было же никаких стадий очистки, значит в пробе остаются цитоплазматические и ядерные белки. Вот включил логику :)
Другое дело, что мне не известна вся фактология. Например, при гомогенизации инфузорий действительно получается большой сгусток ДНК (не чистой), но у них совсем другой ядерный аппарат, чем у лука, ДНК у них должно быть больше.
почему? Даже в хроматине огромное количество белка, не говоря уже про цитоплазму
А ещё белки можно кислотой осаждать.
могу подтвердить, что точно не чистая. можно дать к примеру задание проанализировать белую массу БКЗ и акридиновым оранжевым.
значит эту ДНК нельзя практически никак использовать без дополнительной очистки. А можете проверить концентрацию ДНК в этой пробе?
Можно.
Протеиназа Кей
Концентрацию в таких случаях проверяют с помощью спектрофотометра.
фотодетектором
БКЗ - бромкрезоловый зеленый, в свое время коллеги разработали методику для определения белка (лучше чем с биуретом)
По акридиновому оранжевому в свое время сам делал калибровку для НК
он древний краситель, не самый лучший, но использовался для определения сингл стрейч и дабл стрейч. Так как это уже выделенное вещество, то можно бахнуть этидиум бромидом (если дадут)
И еще раз. ДНК полученное методом осаждения (тем более одностадийным) всегда будет грязным.
А чем регистрируете сигнал АО?
да, был немного невнимателен :) прочитал как белковую массу и не знаю, что такое БКЗ. А разве АО можно точно померить концентрацию?
проверить конц... хм... значит вы не поняли мой коммент выше, меня это опечалило
вы написали, что ДНК не чистая, но хотелось бы проверить есть ли она там вообще
Было бы гораздо интереснее, если описать как влияют все эти реагенты и все эти действия на биоматериал. Сам занимаюсь выделением ДНК для ПЦР и по опыту общения с коллегами в разных лабораториях знаю, что многие лаборанты не понимают что и как влияет на результат.
Иногда неплохая методика (воспроизводимая) намного важнее понимания.
Привет Маниатису и одноцепочечной ДНК у бактерий, @stepanov.
Всё ещё жду Вашего обещанного ответа, безнадежно
П.С. Ежу понятно, что дезоксирибоНК высаживается спиртом.
Открою вам секрет: я даже не лаборант.
+100
Смутило одно:
У Сержа женская? фотка?
Да, по причине отсутствия своих фотокарточек приемлемого качества загрузил девушку.